La déesse Hathor, figure divine principale de la ville, est attestée localement depuis la Troisième Période Intermédiaire. Le document le plus ancien est une stèle du musée du Caire, qui établit une donation de terres par un officier du pharaon Chéchonq V au profit du temple d’Hathor. Oushtehet fils d’Ousterkeni, y donne cinq aroures au domaine d’Hathor maîtresse de Mefkat pour demander en retour et pour lui-même vie, prospérité et santé et une longue et belle vieillesse. L’épithète spécifique d’Hathor « maîtresse de Mefkat » est un des éléments qui permet de la distinguer de la figure traditionnelle d’Hathor. Elle est l’héritière d’une Hathor « maîtresse de la turquoise-mefkat », le mot mefkat désignant la turquoise en égyptien, qui recevait un culte dans les mines d’exploitation de cette pierre dans le Sinaï entre l’Ancien et le Nouvel Empire.
Cette déesse Hathor pouvait être représentée sous différentes formes : totalement humaine, à tête de vache, ou entièrement sous forme de vache. Les textes lui donnent plusieurs surnoms, comme Sokaret et la décrivent comme « le Ba d’Isis », « la maîtresse de la vie » ou « la Dorée », qui contribuent à la distinguer de l’Hathor habituelle. Elle adopte ainsi la forme d’une déesse maternelle et allaitante cadrant tout à fait avec l’image d’une vache. Cet aspect bovin est rendu plus fort par un épisode mythologique auquel elle était directement associée. Cet épisode est une transposition locale d’un passage du combat entre Horus et Seth, dans le célèbre mythe osirien, dans lequel l’Hathor de Mefkat va jouer le rôle de la déesse Isis. Suite à l’assassinat d’Osiris par Seth, un combat a lieu entre le meurtrier et Horus, le fils du défunt, pour décider qui succèdera à Osiris sur le trône d’Égypte. Pendant un combat fluvial, lors duquel Horus et Seth prennent la forme d’hippopotames pour s’affronter, Horus en vient à trancher la tête de sa mère Isis, en l’accusant d’être venue en aide à Seth pendant le combat. La déesse ne pouvant rester sans tête, le dieu Thot, maître des écritures connaissant les formules magiques, qui remplace sa tête humaine tranchée par une tête de vache.
On connaît surtout les rites associés à la déesse par un document exceptionnel qui nous est parvenu dans un état fragmentaire (ci-contre). Il s’agit d’une partie de la chapelle en pierre (naos) dans laquelle était conservée la statue divine. Datable de la Basse Époque, ce document nous expose plusieurs rites et indique la manière dont ils devaient être menés (rôle des prêtres spécifiques, produits nécessaires aux encensements et offrandes, formules et invocations à prononcer) :
« Regardez ! Voici la Grande qui est venue en paix, son pavillon d’accueil est l’horizon tout entier, son odeur est agréable. Qu’elle entre dans le ciel à la suite de l’étoile d’Orion, étant vivante, renouvelée et rajeunie comme Rê chaque jour. Ouvrir les portes de la chapelle mystérieuse (le naos), que les dieux puissent la voir. Faire la libation et l’encensement quand elle sort en procession, puis entrer dans le sanctuaire. Prononcer les mêmes formules à l’entrée de la chapelle par le prêtre-sak-hat dans l’introduction des dieux vers le sanctuaire. Récitation par le prêtre-sak-hat alors qu’il fait l’encensement devant cette déesse, tandis que le prêtre supérieur des secrets l’accompagne, en portant la chapelle mystérieuse, sans rien voir ni entendre, vers son temple. Acclamation ! Jubilation ! Acclamation ! » (traduction adaptée).
Il semblerait que cette forme de la déesse Hathor ait été importée et adaptée dans d’autres sanctuaires d’Égypte, où l’on retrouve des mythes identiques et des fonctions de prêtres similaires : de l’autre côté du Delta, à Boubastis, et à Atfih en Haute Égypte, lieu de culte très important de la déesse vache.