Si la nécropole de Kôm Abou Billou est surtout célèbre pour ses stèles funéraires d’époque gréco-romaine, elle a été occupée depuis bien plus longtemps. Les inhumations les plus anciennes qui y ont été découvertes, lors des fouilles de 1969-1970 menées par le Service des Antiquités de l’Égypte, remontent à la VIe dynastie (-2345/-2200) et couvrent toute l’époque pharaonique, depuis l’Ancien Empire jusqu’à la fin de la Basse Époque. Ces tombes ont été découvertes à l’ouest du temple d’Hathor, dans une zone du site aujourd’hui rendue à l’agriculture. On ne connaît pas l’extension de cette nécropole ancienne et il est possible qu’une partie de celle-ci se trouve dans la zone préservée du site, à proximité du temple. Ces tombes nous donnent des indications sur les habitants de l’ancienne Mefkat, leurs pratiques funéraires et leurs croyances dans l’au-delà.
La majeure partie des sépultures découvertes était assez simple, reflétant la population d’une ville provinciale. À l’inverse des tombes de Thèbes, fréquemment creusées dans la montagne puis décorées, la topographie du Delta du Nil a conduit les habitants du lieu à développer des inhumations sous forme de fosses, parementées de briques crues et comportant des sarcophages en terre cuite. Les modèles construits adoptent des formes variées, comme le seront plus tard ceux de l’époque romaine, mais avec des modes de construction simples et des superstructures peu développées.
Les cercueils de terre cuite du Nouvel Empire découverts étaient décorés de peintures qui traditionnellement accompagnent le mort dans la tombe : représentations des quatre fils d’Horus, d’Isis et de Nephthys, etc. Quelques inscriptions donnaient les noms des défunts, accompagnés de formules funéraires issues du Livre des Morts.
Au contact du corps ou à proximité de celui-ci, des objets étaient déposés pour accompagner le défunt dans la mort. Des amphores complètes datant du Nouvel Empire ont été mises au jour, mais également des vases à parfum et à khôl en albâtre ou en pierres dures, des miroirs en bronze, des ouchebtis portant des textes funéraires. Quelques stèles montraient le défunt face à Osiris ou accompagné de sa femme et recevant des offrandes de ses enfants. Ces offrandes permettaient la survie alimentaire du défunt, qui ainsi ne manquait de rien.
De nombreuses amulettes en or, en matières précieuses et semi-précieuses étaient placées sur la momie : scarabées de cœur, yeux-oudjat et figures divines servaient à protéger les membres du corps et à assurer son passage dans le monde d’Osiris.
Les témoignages de Basse Époque se sont révélés particulièrement intéressants et indiquent un développement important de la ville à cette période, accompagnant la renommée nationale que prend la déesse locale, Hathor de Mefkat. Les tombes découvertes nous font connaître les prêtres de cette déesse, leurs titres et permettent de donner vie au temple et à son clergé.
L’étude de la nécropole et du matériel issu des tombes permet surtout de restituer l’enterrement et les rites qui étaient pratiqués lors de celui-ci. De manière plus précise, elle nous apprend les particularités d’une nécropole de province fonctionnant sur le long terme, depuis les premières dynasties jusqu’à la fin de l’histoire pharaonique.